ヨナグニサンは様々な呼び名があります。例えば、与那国方言では「アヤミハビル」と呼ばれています。アヤミは「模様のある」、ハビルは「蝶」の意味です。
ヨーロッパではその体が巨大であることから、ギリシャ神話の巨人アトラスにちなみ、学名の「Attacus atlas」や英名では「atlas moth」(アトラスガ)と呼ばれてます。
巨人アトラスは巨躯を以て、両腕と頭で天の蒼穹を支えるといわれています。名前は「支える者」・「耐える者」・「歯向かう者」を意味する古印欧語に由来します。
また、地図帳(アトラス)のような翅の模様から命名されたとも言われています。地図帳(アトラス)はギリシャ神話において世界で最初に地球儀や天球儀を作ったとされるマウレタニア王アトラスから由来しています。
中国語では「皇帝の様な蛾」を意味する、皇蛾と呼ばれています。